Am Institut für Immunologie wurde bereits im Jahr 1999 eine der ersten Affymetrix Mikroarray Plattformen in Deutschland etabliert. Die heute Applied Biosystems Mikroarray Plattform (cartridge genannt ) befindet sich auf dem aktuellen technologischen Stand.

Wir führen RNA Profiling Projekte mit allen gängigen Protokollen und erhältlichen Arrays durch [ 6, 3 ] . Mit den Clariom D Arrays ist es mit mehr als 6,5 Millionen Sonden möglich, einen tiefen Blick in das Transkriptom zu werfen. Das betrifft nicht nur die proteinkodierenden Transkripte sondern auch die Welt der regulatorisch bedeutsamen, nicht kodierenden lnc (linc) RNA`s. Das Konzept der „Splice junction probesets“ lässt es zu, die Regulationsebene des differentiellen Spleißens [ 9, 10 ]  in großer Tiefe zu analysieren. Unterstützt wird dies durch die lizenzfrei verfügbare Software „Transcriptome Analysis Console“, die als intuitive GUI über den weltweit meist verwendeten Normalisierungsalgorithmen (RMA, ANOVA, eBayes, LIMMA) von „Bioconductor“ in der Statistikumgebung „R“ arbeitet. Die Vernetzung mit den wichtigsten Datenbanken sowie mit „Wikipathways“ über eine Enrichment Analysefunktion [ 8 ]  ermöglicht Ihnen, nach einer Anleitung durch den Leiter der Core Facility, das Data Mining und die attraktive Visualisierung [ 7 ]  ihres Kandidaten Gensets durchzuführen. Das Konzept der kleinen Clariom S Arrays (ein ca. 700.000 Sonden Subset von Clariom D) gewährleistet ein kostensparendes zweistufiges Design Ihres Microarray Projektes.

Darüberhinaus ist der Einsatz von "Mapping Arrays" und cytogenetischen Applikationen [ 2 ]  sowie von "Resequencing-" [ 1 ] und "Tiling Arrays" [ 4 ] möglich. Die Cytoscan HD Plattform in Verknüpfung mit der frei verfügbaren Software "Chromosome Analysis Suite" (ChAS) erlaubt dem zytogenetisch interessierten Wissenschaftler durch die Verknüpfung mit den relevanten Datenbanken einen schnellen Zugang zu genomischen Aberrationen des Probenmaterials. Die Oncoscan Plattform lässt mit Hilfe der innovativen "Molecular inversion probe technology" (MIP) die "Copy number" Analyse in stark degradierter DNA bis hinab zu 40 Basenpaaren zu (FFPE) [ 5 ].

Die Bearbeitung von offenformatigen Microarrays sowie die Verwendung von Agilent Mikroarray Produkten wird durch den vorhandenen Agilent G2505C Scanner möglich.

Quantitative Echtzeit PCR in den Formaten 96well Fast (0,1 ml), TaqMan Array Card (384er Format) und OpenArray (3072, zur Zeit nicht verfügbar) [ 11, 12 ]  sind für Validierungsexperimente nutzbar. Die Multiwell-Formate sind voll „customisierbar“ und können mit allen über Thermofisher verfügbaren qPCR Assays sowohl für mRNA Quantifizierung, für miRNA Quantifizierung wie auch für Genotyping beschickt werden. Darüber hinaus stehen „Gensignature“ Plates/Cards sowie miRNA Screening Cards zur Verfügung. Eine ausführliche Beratung gehört zu den Aufgaben der Core Facility.

Mit dem Quantstudio 3D steht ein arraybasierendes System für die digitale PCR zur Verfügung. Die absolute Quantifizierung durch die Verteilungsstatistik nach Poisson, wie die Detektion von seltenen Mutation (rare mutation detection) sind damit möglich.

Die Probenvorbereitung wird unterstützt durch Systeme für den Aufschluss (Fastprep-24, MP Lifescience; Covaris M220), die Quantifizierung (Qubit, fluoreszenzphotometrisch; Nanodrop, spektralphotometrisch) und die Qualitätskontrolle (Bioanalyzer 2100, kapillarelektrophoretisch).

Leiter:
Dr. rer. nat. Dirk Koczan
Institut für Immunologie
Core Facility Genomics
Schillingallee 70, 18057 Rostock
dirk.koczan{bei}med.uni-rostock.de
0381 494 - 5885

Technische Assistenz:
Ildiko Toth
Institut für Immunologie
Core Facility Genomics
Schillingallee 70, 18057 Rostock
ildiko.toth{bei}med.uni-rostock.de
0381 494 - 5873