Ausstattung
Mikroarray Plattform
Applied Biosystems™ (früher Affymetrix) Mikroarray Plattform:
GeneChip™ Scanner 3000 7G System mit GeneChip AutoLoader
GeneChip™ Fluidics Sation 450 (2 Geräte mit 8 Modulen)
GeneChip™ Hybridisation Oven 645
Agilent Microarray Plattform
Agilent G2505C Microarray-Scannersystem (2 micron resolution)
G2545A Hybridization Oven
Bei dem offenformatigen Microarray Scanner Agilent G2505C können alle Objektträger-Format Arrays mit bis zu 2 micron Auflösung gescanned werden. Der Scanner ist mit einen roten und einem grünen Laser ausgestattet, welcher beim Scannen durch die Glasschicht die Fluorophore anregt; ein Scannen verspiegelter Arrays ist also nicht möglicht.
Mit dem G2545A Hybridisierungsofen und den dazugehörgen agilentspezifischen Arrayhaltern können alle verfügbaren Agilent Microarrays bearbeitet werden.
Eine Lizenz für die hierfür notwendige Feature Extraction Software steht zur Verfügung.
Validierungs Plattform qPCR
TaqMan 7900HT Fast Real-Time PCR System
Das TaqMan 7900HT Fast Real-time PCR System ist mit einem 96well Fast Block (0,1 ml wells) sowie eine TaqMan Array Card Upgrade (384 well) ausgestattet. (der gezeigte Platten Handling Roboter steht nicht zur Verfügung). Das Gerät ist für die Farbstoffe FAM, VIC, ROX und Sybr green kalibriert und arbeit mit einem Argon Laser.
ViiA 7 Real-Time PCR System (ZEMFO, Prof. Jaster)
Das ViiA7 Real-Time PCR System ist mit einem 96well Fast Block (0,1 ml wells) sowie eine TaqMan Array Card Upgrade (384 well) ausgestattet. Das Gerät ist für die Farbstoffe FAM, VIC, ROX und Sybr green kalibriert und arbeit mit einer Halogenlampe.
Das Gerät befindet sich im Bereich des ZEMFO (Schillingallee 70). Die Bearbeitung von TaqMan Array Cards kann aufgrund der dort vorhandenen Zentrifugenausstattung nur in der Core Facility (Abteilung Immunologie/ Schillingallee 70) stattfinden.
Multiwell Formate an der Core Facility
Die Formate 96well Fast sowie das 384well Format TaqMan Array Card können sowohl im TaqMan 7900HT Fast Real-time PCR System wie auch im ViiA7 Real-Time PCR System verwendet werden. Zu beachten ist, dass die Rohdatenformate divergieren (.sds, .eds), was eine gemischte Datenanalyse beeinträchtigt.
Digitale PCR - QuantStudio 3D
Bei dem QuantStudio 3D PCR System handelt es sich um ein arraybasierendes digitales PCR System. Auf dem Dual Flat Block können mit Hilfe eines GeneAmpTM PCR System 9700 zwischen einer und 24 Proben in jeweils 20.000 wells des QuantStudio 3D Digital PCR Chips umgesetzt werden.
Die Quantifizierung mittels der Poisson Statistik erfolgt direkt im QuantStudio 3D Lesegerät. Die QuantStudioTM 3D AnalysisSuiteTM Software steht online zur Verfügung ( https://www.lifetechnologies.com/quantstudio3d )