Ausstattung

Mikroarray Plattform

Applied Biosystems™ (früher Affymetrix) Mikroarray Plattform:

GeneChip™ Scanner 3000 7G System mit GeneChip AutoLoader
GeneChip™ Fluidics Sation 450 (2 Geräte mit 8 Modulen)
GeneChip™ Hybridisation Oven 645

Qualitätskontrolle und Quantifizierung

Agilent Bioanalyzer 2100

Es handelt sich um ein Kapillarelektrophorese System (lab on a chip), das zur Kontrolle der Integrität von Gesamt-RNA Proben (RIN: RNA Integrity Number), zur Darstellung kleiner RNA Proben und zur Darstellung von DNA geeignet ist. Der Einsatz eines Standards ermöglicht auch die Quantifizierung. Proteinelektrophorese ist ebenso möglich.
Zm Einsatz kommende Kits:

  • Agilent RNA 6000 Nano Kit (25 bis 500 Nanogram)
  • Agilent RNA 6000 Pico Kit (50 bis 5000 Picogramm)
  • Agilent Small RNA Kit (6 bis 150 nt)
  • Agilent DNA 1000 Kit
  • Agilent DNA 7500 Kit
  • Agilent DNA 12000 Kit
  • High Sensitivity DNA Kit (5 bis 100 Picogramm)
  • Agilent Protein 80 Kit (< 80 kDa)
  • Agilent Protein 230 Kit (< 230 kDa)
  • High Sensitivity Protein 250 Kit (< 250 kDa; 0,3 bis 3000 Nanogramm)

NanoDrop 1000 Spectrophotometer

Qubit Fluorometer

Bei dem Nandrop™ 1000 handelt es sich um ein Spektralphotometer, dessen Meßstrahl durch den Miniskus eines Probenvolumens von 1 Mikroliter ein Wellenlängen Spektrum von 220 nm bis 750 nm erfasst. Die Vermessung von Nukleinsäure- oder Proteinlösung aber auch die Quantifizierung von Fluorophoren (Cy3, Cy5) ist möglich.

Bei dem Qubit™ Fluorometer handelt es sich um ein Fluoreszenz Photometer, welches mit einer 2 Punktregression und den geeigneten Farbstoff Kits die Quantifizierung von RNA, DNA und Proteinen ermöglicht.
Zm Einsatz kommende Kits/Assays:

  • Qubit dsDNA HS Kit (0,2-100 Nanogram)
  • Qubit dsDNA BR Kit (2-1000 Nanogram)
  • Qubit RNA HS Kit (5-100 Nanogramm)
  • Qubit RNA BR Kit (20-1000 Nanogram)
  • Qubit Protein Assay (0,25-5 Mikrogramm)
  • Qubit Protein BR Assays (1-400 Mikrogramm)

Probenbehandlung

Covaris M220, programmierbarer Sonifier

FastPrep 24 Homogenizer

Bei dem Covaris M220 handelt es sich um ein programmierbares Ultraschallgerät. Mit Hilfe der isothermalen AFA Technik (adaptive focused acoustics) kann DNA oder Chromatin geschert werden, um als Substrat für Chromatinimmunopräzipitationsanreicherung oder Fragment-Library-Konstruktion zu dienen.  Für die Extraktion von DNA und RNA aus FFPE Schnitten stehen beim Hersteller Kits zur Verfügung (truXTRACR FFPE Extraction Kits). Probenextraktions Protokolle im prokaryoten wie im eukaryoten Bereich können durchgeführt werden.

Der FastPrep 24 Homogenizer ermöglicht die parallele Homogenisierung von bis zu 24 Gewebsproben (Weichgewebe) im spezifischen Lysepuffer mit Hilfe von einmal verwendbaren 2 ml Schraubgefäßen (Lysing Matrix) gefüllt mit Keramikkugeln. Die Extraktion von RNA, DNA und Proteinen wird unterstützt.

Agilent Microarray Plattform

Agilent G2505C Microarray-Scannersystem (2 micron resolution)

G2545A Hybridization Oven

Bei dem offenformatigen Microarray Scanner Agilent G2505C können alle Objektträger-Format Arrays mit bis zu 2 micron Auflösung gescanned werden. Der Scanner ist mit einen roten und einem grünen Laser ausgestattet, welcher beim Scannen durch die Glasschicht die Fluorophore anregt; ein Scannen verspiegelter Arrays ist also nicht möglicht.

Mit dem G2545A Hybridisierungsofen und den dazugehörgen agilentspezifischen Arrayhaltern können alle verfügbaren Agilent Microarrays bearbeitet werden.

Eine Lizenz für die hierfür notwendige Feature Extraction Software steht zur Verfügung.

Validierungs Plattform qPCR

TaqMan 7900HT Fast Real-Time PCR System

Das TaqMan 7900HT Fast Real-time PCR System ist mit einem 96well Fast Block (0,1 ml wells) sowie eine TaqMan Array Card Upgrade (384 well) ausgestattet. (der gezeigte Platten Handling Roboter steht nicht zur Verfügung). Das Gerät ist für die Farbstoffe FAM, VIC, ROX und Sybr green kalibriert und arbeit mit einem Argon Laser.

ViiA 7 Real-Time PCR System (ZEMFO, Prof. Jaster)

Das ViiA7 Real-Time PCR System ist mit einem 96well Fast Block (0,1 ml wells) sowie eine TaqMan Array Card Upgrade (384 well) ausgestattet. Das Gerät ist für die Farbstoffe FAM, VIC, ROX und Sybr green kalibriert und arbeit mit einer Halogenlampe.

Das Gerät befindet sich im Bereich des ZEMFO (Schillingallee 70). Die Bearbeitung von TaqMan Array Cards kann aufgrund der dort vorhandenen Zentrifugenausstattung nur in der Core Facility (Abteilung Immunologie/ Schillingallee 70) stattfinden.

Multiwell Formate an der Core Facility

Die Formate 96well Fast sowie das 384well Format TaqMan Array Card können sowohl im TaqMan 7900HT Fast Real-time PCR System wie auch im ViiA7 Real-Time PCR System verwendet werden. Zu beachten ist, dass die Rohdatenformate divergieren (.sds, .eds), was eine gemischte Datenanalyse beeinträchtigt.

Digitale PCR - QuantStudio 3D

Bei dem QuantStudio 3D PCR System handelt es sich um ein arraybasierendes digitales PCR System. Auf dem Dual Flat Block können mit Hilfe eines GeneAmpTM PCR System 9700 zwischen einer und 24 Proben in jeweils 20.000 wells des QuantStudio 3D Digital PCR Chips umgesetzt werden.

Die Quantifizierung mittels der Poisson Statistik erfolgt direkt im QuantStudio 3D Lesegerät. Die QuantStudioTM 3D AnalysisSuiteTM Software steht online zur Verfügung ( https://www.lifetechnologies.com/quantstudio3d )