Ausstattung
Im Institut für Immunologie stehen verschiedene Geräte-Ausstattungen zur Verfügung, die auf Anfrage genutzt werden können.
Bei Interesse kontaktieren Sie uns bitte unter:
immunologie{bei}med.uni-rostock.de.
Analytik:
Microplate Reader Infinite® M Plex 200 PRO
Der Infinite M Plex ist ein voll ausgestatteter Multi-Modus-Plattenreader mit monochromatorbasierter Optik, der eine freie Wellenlängenwahl und Scanfunktionen bietet. Er ist ein einsatzbereites Workhorse für alle Standard-Absorptions-, Fluoreszenz- und Lumineszenz-Assays.
Anwendungen:
- Absorptions- und fluoreszenzbasierte Proteinquantifizierung
- Absorptions-, fluoreszenz- und lumineszenzbasierte ELISAs
- 600-nm-Wachstumskurven (Bakterien, Hefe)
- ATP-Quantifizierung
- Fluoreszenz- und Lumineszenz-Reporter-Assays
- Fluoreszenz- und Lumineszenz-basierte Ca²⁺-Freisetzungsassays
- Dual-Luciferase-Reporter-Assays
- Zellbasierte Assays (z. B. Viabilität, Zytotoxizität)
- Enzymkinetik
- Charakterisierung von Wirkstoffen (Absorptions- und Fluoreszenz-Scans)
Readerkonfiguration
- Absorption: Endpunkt; Kinetik, Spektrale Messung (Nur Monochromator-basiert)
Monochromator: Quad4 Monochromatoren, 230nm – 1.000nm - Fluoreszenz: Endpunkt, Kinetik, Spectraler Scan (Nur Monochromator-basiert), TRF, FRET
Monochromator: Quad4 Monochromatoren, Ex 230nm – 850nm, Em 280nm – 850nm - Lumineszenz
Standard: glow, flash (mit Injectoren), zwei Farben Messung, BRET2™, NanoBRET™, OD2 Attenuation
Injektor: 1 oder 2 Pumpen, 1.000 μl Pumpen - Inkubations Optionen
Schütteln
Heizen: RT +5°C bis 42°C - Software
i-Control™: Reader Control Software
SeqStudio Genetic Analyzer
Mit dem SeqStudio Genetic Analyzer steht uns ein 4-Kapillar Elektrophoresesystem mit Einzelbasenauflösung (Sanger Sequenzierer) zur Verfügung. Die 4 Kapillaren, das universelle Polymer sowie der Anodenbuffer werden in einer Wechselkartusche vorgehalten, die die Auftrennung von 1000 Proben ermöglicht. Das System kann die Emission von 6 Fluoreszenzfarben messen und ist zur Zeit für 6FAM™ dye, VIC® dye, NED™ dye, PET® dye und LIZ® dye kalibriert.
- Sanger Sequenzierung mit BigDye Terminator v1.1, ~v3.1, BigDye Direct
- Fragmentanalyse
- DNA Methylierungsanalyse (Bisulfidsequenzierung)
- MSI (Mikrosatelliten Instabilität) Analyse
- Multiplex SNP Analyse mit dem Snap Shot Verfahren
- MLPA Analysen (multiplex ligation-dependent probe amplification)
Die Nutzung des Systems erfordert u. U. die Beschaffung einer Wechselkartusche und des darüber hinaus notwendigen Verbrauchsmaterials sowie die Einweisung durch den Geräteverantwortlichen.
Probenvorbereitung:
Agilent BioTek 50 TS (96-well plate) Washer
Der Agilent BioTek 50 TS-Washer liefert präzise und reproduzierbare Ergebnisse beim automatisierten Waschen von 96-Well-Mikroplatten
Anwendungen:
- ELISA
- Assays zur biomagnetischen Partikeltrennung
- Zellbasierte Assays
Technische Details des Mikrotiterplatten Washer
- Mikrotiterplattentypen: 96-Well-Platten und Mikrotiterstreifen
- Schütteln: Programmierbar in Minuten und Sekunden bis zu 30 Minuten; 5 Intensitätsstufen von 15–19 Hz
- Einweichen: Programmierbar in Minuten und Sekunden bis zu 30 Minuten
- Trennungsmethoden: Biomagnetische Trennung
- Manifold-Typen: 8-Well-Manifold
- Volumenbereich: 25-3.000 μl pro Well
- Waschgeschwindigkeit: < 130 s für 12 Streifen (3 Zyklen, 300 μl/Well, ohne Einweichen)
- Dosiergenauigkeit: 3,0 % CV bei Messung über sechs Dosierungen von 300 μl/Well entionisiertem Wasser mit 0,1 % Tween 20.
- Restvolumen: ≤ 2,0 μl/Well nach 3-Zyklen-Waschgang, 300 μl/Well dosiert
FastPrep 24 Homogenizer
Der FastPrep 24 Homogenizer ermöglicht die gleichzeitige Homogenisierung von bis zu 24 Weichgewebsproben.
- Weichgewebe, z.B. Muskel, Niere, Milz, Hirn, etc.(nicht für Knorpel, Knochen, gefrorene Proben etc.) in wegwerfbaren 2 ml Schraubdeckelgefäßen mit Keramikkugeln (Lysing Matrix)
- In Verbindung mit einem Lysis Puffer, der Verwendung von Frischgewebe oder der vorherigen Asservierung in RNAlater (RNA)
- Extraktion von RNA, DNA und Proteinen
Covaris M220, programmierbarer Sonifier
Der Covaris M220 ist ein programmierbares Ultraschallgerät für die Nutzung der isothermalen AFA Technologie (adaptive focused acoustics).
- Scherung von Nukleinsäuren für die NGS Fragment-Library-Konstruktion
- Scherung von DNA und Chromatin für ChIPseq
- Extraktion von DNA und RNA aus FFPE Material (truXTRACR FFPE Extraction Kits)
- Probenextraktion (Prokaryoten, Eukaryoten)
- es werden spezielle Tubes benötigt (MP Lysing Matrix Tubes)
Hochleistungszentrifugen
Beckman Coulter Ultrazentrifuge Optima™ Max
Rotoren:
- MLA-80 (Festwinkel); 8 mal 8 ml Volumenkapazität; max. 444.000 g bei 80.000 rpm
- MLS-50 (swing-out); 4 mal 5 ml Volumenkapazität; max. 268.000 g bei 50.000 rpm
- MLS-130 (Festwinkel); 10 mal 2 ml Volumenkapazität; max. 1.019.000 g bei 130.000 rpm
Beckman Coulter Avanti™ J-25 Standkühlzentrifuge
Rotoren:
- JA-25.50 (Festwinkel); 8 mal 50 ml Volumenkapazität, max. 75.600 g bei 25.000 rpm
- JLA-16.250 (Festwinkel); 6 mal 250 ml Volumenkazität; max. 38.400 g bei 16.000 rpm
Quantifizierung und Integritätskontrolle:
NanoDrop One Spektralphotometer - ThermoFisher
Der NanoDrop One ist ein UV/Vis Mikrovolumen-(1 bis 2 μl) Spektralphotometer für die Extinktionsmessung im Bereich von 190 und 850 nm.
- Quantifizierung von Nukleinsäure- und Proteinproben kann in einem linearen Bereich von bis zu 27.500 ng für DNA/RNA und 400 mg/ml IgG ohne Verdünnung
- „Acclaro sample Intelligence technology” ermöglicht die Differenzierung von DNA und RNA sowie die automatische Korrektur bei möglichen Kontaminanten
- Bestimmung von Peptiden (205 nm), Proteinen (280 nm), DNA und RNA (260 nm), Farbstoffanalytik (490 nm), Gold-Nanopartikel (520 nm), kolorimetrische Proteinassays (BCA, 562 nm; Bradford, 595 nm; Lowry, 650 nm; Pierce 660, 660 nm) sowie die Bestimmung der optischen Dichte (600 nm)
Qubit™ Fluorometer – ThermoFisher
Bei dem Qubit™ Fluorometer handelt es sich um ein Fluoreszenz Photometer, welches mit einer 2 Punktregression und den geeigneten Farbstoff Kits die Quantifizierung von RNA, DNA und Proteinen ermöglicht.
Zum Einsatz kommende Kits/Assays:
- Qubit dsDNA HS Kit (0,2-100 ng)
- Qubit dsDNA BR Kit (2-1000 ng)
- Qubit RNA HS Kit (5-100 ng)
- Qubit RNA BR Kit (20-1000 ng)
- Qubit Protein Assay (0,25-5 μl)
- Qubit Protein BR Assays (1-400 μl)
Agilent TapeStation 4150
Die TapeStation 4150 ist ein automatisiertes Elektrophoresesystem für die Qualitätskontrolle von Nukleinsäuren in Nachfolge der „lab on a chip“ Technologie (Bioanalyzer 2100)
- Integritätskontrolle von RNA- und DNA Proben
- RIN Werte (RNA Integrity Number); DIN Werte (DNA Integrity Number); DV200 Wert
- 16 Auftrennungspuren können mittels Barcode konsekutiv abgearbeitet werden
Zum Einsatz kommende Kits/Assays:
- RNA Assay (25 -500 ng, Sensitivity 5ng)
- High Sensitivity RNA Assay (500-10000 pg, Sensitivity 100 pg)
- D1000 Assay (0,1-50 ng)
- High Sensitivity D1000 Assays (Sensitivity 5 pg)
- D5000 Assay (0,1-50 ng)
- High Sensitivity D5000 Assay (Sensitivity 5 pg)
- Cell-free DNA Assay (50 bis 800 bp)
- Genomic DNA Assay (200 bis > 60.000 bp)
Agilent Bioanalyzer 2100
Der Agilent Bioanalyzer ist ein automatisiertes Kapillarelektrophoresesystem (lab on a chip) für die Darstellung von Nukleinsäure (DNA, RNA) und Proteinen.
- Integritätskontrolle von RNA und DNA Proben
- RIN Werte (RNA Integrity Number); DIN Werte (DNA Integrity Number)
Zum Einsatz kommende Kits/Assays:
- Agilent RNA 6000 Nano Kit (25 bis 500 ng)
- Agilent RNA 6000 Pico Kit (50 bis 5000 pg)
- Agilent Small RNA Kit (6 bis 150 nt)
- Agilent DNA 1000 Kit
- Agilent DNA 7500 Kit
- Agilent DNA 12000 Kit
- High Sensitivity DNA Kit (5 bis 100 pg)
- Agilent Protein 80 Kit (< 80 kDa)
- Agilent Protein 230 Kit (< 230 kDa)
- High Sensitivity Protein 250 Kit (< 250 kDa; 0,3 bis 3000 ng)